1998国家糖料作物改良中心是全国重点建设的12个农作物改良中心之一，福建甘蔗分中心于1998年农业部批准建设，第一期建700 万元，于2006年启动“国家糖料作物改良中心福建甘蔗分中心二期续建”项目，第二期总投资818万元。通过项目建设，该分中心的硬软件条件得到极大的提升，成为全国重大项目的研发平台和培养博硕士高端人才的基地。“九五”以来，分中心主持了国家科技攻关计划、国家科技支撑计划、国家 863 计划项目、国家“984”计划项目、国家攻关先导项目、国家高技术产业化示范工程，国家公益性行业科研专项、农业科技跨越计划、农业结构调整重大技术研究专项等全国性、公共性、战略性重大项目40余项，总经费超亿元。主持引进鉴定的新台糖10号、16号、22号、25号等系列品种，这些品种年种植面积占当时全国85%以上长达15年之久,实现了我国第三轮甘蔗品种更新，促进了糖业跨越发展。

近20年来，每年杂交组合和实生苗数量逐年增加，目前每年杂交组合达230个，培育实生苗数量达12万株，共选育了36个新品种通过审（鉴）定或登记，7新品种获得新品种保护权。在甘蔗种质创新，染色体技术及染色体遗传等方面进行较为全面系统的研究，利用GISH、FISH和Oligo-FISH等技术研究了甘蔗属及其近缘属的染色体融合进化；研究了割手密、滇蔗和斑茅在高贵化过程中的染色体遗传，发现在在高贵化过程中存在n + n、2n + n和超2n + n等染色体遗传方式，在高代材料中还发现了单染色体加倍的现象。创制和鉴定了一系列含不同斑茅染色体核型的材料，并利用其中仅含1条斑茅染色体材料分选出斑茅染色体并进行了测序和组装分析。研究构建了新台糖22号、中蔗1号、百年蔗等一些重要材料的染色体核型，为这些材料的全基因组测序组装提供细胞学依据。研究成果在《PANS》、《Plant Cell》、《New Phytologist》、《The Crop Journal》等国际TOP期刊上发表，获得国家发明专利授权12项，获得教育部提名国家科学技术奖二等奖2项，国家农作物新品种后补助一等奖1项，“863”计划后补助一等奖1项，福建省科学技术进步奖三等奖1项，中华神农科技奖一等奖1项, 云南省科学技术奖三等奖1项，广东省科学技术奖三等奖一项。